Nドライブはプロキシに対応していないようです。
サポートページで確認すると、現在プロキシには対応していない旨が表明されていました。
しかし、要望が上がっており、プロキシ接続に対する対応を検討しているようです。
他社の接続ソフトは大抵の場合対応していますので、機能的には劣ると言わざるを得ないでしょう。
しかし、技術的にとてつもなく難しいというわけではないでしょうから、ぜひ対応してほしいところです。
また、対応する場合は、IEの設定（一般にシステム設定といわれます）を自動的に読み込んで設定してくれると、手間いらずでありがたいですね。
なお、プロキシ環境とそうでない環境の切り替えは、IEの設定切り替えで行うことはもちろん可能ですが、切り替えをうっかり忘れてしまうこともありますし、第一面倒です（笑）。
そこで、アカウントを２つ作り片方だけをプロキシ設定にして、切り替えて使用すると便利です。
例えば、職場と出先で接続方法が異なるので、アカウントによってプロキシの有無を切り換えるわけです。
このような使い方が比較的便利なので、プロキシ対応のソフトウェアは、IEの設定を自動で読み込んでくれると面倒がなく楽なのです。
プロキシは、一般家庭ではほとんどない環境かもしれませんが、企業や学校などではかなり使われている例が多いと思われるので、迅速な対応を願うところです。