WindowsXP + OneNote + ペンタブレットで動作がおかしい場合の続・続報です。
相性の悪いソフトウェアを探していましたが、ロジクールのセットポイントというマウス用のソフトウェアがかなり怪しいです。
ロジクール製のマウスの場合、このソフトウェアを入れるとボタンにいろいろ設定ができるのと、より精密にポインタが動く点が魅力ですが、タブレットもマウスやキーボードをエミュレートすることになるので、相性が悪くても納得はできます。
実際、安定性は向上して、Windows終了時に時間がかかることがかなり少なくなったようです。
過去の設定と合わせることで、かなり改善されそうです。
こういうのって一度はまるとなかなか答えが見つからないんですよ～。