3TB HDD のOS 対応状況が紹介されています。（詳しくはこちら）
起動用としては、マザーボードがUEFIに対応していることと、OS がGPT（GUIDパーティションテーブル）に対応していることが必須のようです。（さらにWindows の場合は64bit である必要があります。）
なお、どちらか一方でも対応が無い場合は、約2TB のHDD として利用可能なようです。
ただし、レポートを読んでいると、WindowsXP については3TB HDD の使用は避けるべき内容になっています。2TB どころか、約750GB 程度しか使用できない場合もあるからです。
また、冒頭でUEFI への対応が必要としましたが、これは起動用に使用する場合で、データ用に２台目以降とするならば問題なさそうです。
なおデータ用の場合でも、GPT は2TB の壁を超える為に必要なシステムですので、3TB をすべて使いこなすためには外せません。
とりあえず安全策としては、Windows Vista 以降のOS で、データドライブとして3TB HDD を使用するのがよさそうです。
また、今後は起動ドライブにSSD、データ保存用の２台目に大容量HDD という組み合わせが、現実的な高速大容量環境になりそうですね。